学术不端检测系统查重的原理主要是通过文本比对算法，对上传的文档与数据库中的文献进行对比，检测文本相似度。常用的算法包括余弦相似度算法、Jaccard相似系数算法等。系统会将文档中的文字与数据库中的文献进行比对，找出相似度高于设定阈值的部分，进而判断是否存在抄袭行为。

此外，学术不端检测系统还会通过检测格式、引用格式、语言风格等多维度信息来判断文档的原创性。系统会生成查重报告，指出重复率高的部分，并提供相似文献的链接，帮助用户更好地进行论文修改。通过学术不端检测系统查重，可以有效防范学术不端行为，维护学术诚信。