学术不端论文查重系统的原理主要是通过文本比对技术，对上传的论文进行全文匹配，检测文档之间的相似度。系统会将上传的论文与数据库中的已有文献进行比对，查找相同或相似的内容，判断是否存在抄袭行为。同时，系统还会利用文字分析技术，检测论文中的语言风格、句法结构等特征，辅助判断是否存在学术不端行为。

此外，学术不端论文查重系统还会采用文本去重、引用分析等技术手段，帮助识别论文中的重复内容和引用来源。系统会生成查重报告，指出论文中存在的问题，并提供相似度分析结果，帮助用户了解文档的原创性和学术诚信度。通过学术不端论文查重系统的运行原理，可以有效防范学术不端行为，维护学术研究的公正性和可信度。